Біологічний факультет заснований 1965 р. Зараз у його складі 5 кафедр: ботаніки та екології, зоології, фізіології рослин, фізіології людини та тварин, біофізики.
Навчальний процес на факультеті здійснюють висококваліфіковані кадри — 17 докторів та понад ЗО кандидатів наук.
Факультет готує фахівців за спеціальностями: біологія, фізіологія, біофізика та екологія і охорона навколишнього середовища для роботи в науково-дослідних закладах і ВНЗ, на підприємствах різних галузей біології, медицини та екології, у сільському та лісовому господарствах, а також викладачів вищіх навчальних закладів, медичних та педагогічних училищ, учителів загальноосвітніх шкіл, ліцеїв, гімназій тощо.
Колективом факультету організована робота ботанічного та зоологічного музеїв, зібраний значний гербарний фонд.
Деканами факультету працювали: доктор біологічних наук, професор 3. В. Усова (1965–1971 рр.); кандидат біологічних наук, доцент В. І. Харченко (1971 — 1977 рр.); доктор біологічних наук, професор С. Ф. Негруцький (1976–1979 рр.); кандидат біологічних наук, доцент Г. П. Липницька (1980–2000 рр.). З 2000 р. факультет очолює доктор фізико-математичних наук, професор С. В. Беспалова.
Засновником та першим завідувачем кафедри ботаніки був доктор біологічних наук, професор, член-кореспондент НАН України, заслужений діяч науки України Ф. Л. Щепотьєв (1967–1988 рр.); у 1988–1994 рр. кафедрою керував доктор біологічних наук, професор, академік екологічної академії, заслужений діяч освіти України М. Л. Рева. З 1994 р. протягом 5 років кафедрою завідував доктор біологічних наук, професор, дійсний член УЕАН С. В. Швіндлерман. З 2000 р. кафедру очолює доктор біологічних наук, професор, академік УЕАН О. 3. Глухов.
Засновником та першим завідувачем кафедри зоології була доктор біологічних наук, професор 3. В. Усова (1965–1982 рр.). З 1982 р. кафедру очолює доктор біологічних наук, професор М. М. Ярошенко.
Кафедру фізіології рослин організував у 1966 р. та до 1998 р. очолював доктор біологічних наук, професор, заслужений діяч вищої школи, почесний член Українського товариства фізіології рослин, член Європейського товариства фізіології рослин С. Ф. Негруцький. За плідну науково-дослідну роботу кафедру нагороджено двома золотими і сьома срібними медалями ВДНГ СРСР, п’ятьма дипломами ВДНГ УРСР та великою срібною медаллю виставки у Лейпцигу (1992 р.). З 1998 р. свої наукові традиції кафедра продовжує під керівництвом доктора біологічних наук, професора М. І. Бойка.
Кафедра фізіології людини та тварин створена у 1967 р. академіком НАН України, членом-кореспондентом РАН, професором О. А. Навакатікяном. У 1968–1982 рр. кафедрою керував професор С. О. Певний. З 1982 р. завідувачем кафедри працює доктор біологічних наук, професор В. I. Соболєв.
У 1995 р. під керівництвом доктора фізико-математичних наук, професора С. В. Беспалової створена кафедра біофізики, яка є єдиним центром підготовки фахівців-біофізиків Південного Сходу України.
Біологічний факультет співпрацює з науково-дослідними інститутами, ВНЗ зарубіжних країн і міжнародною групою ІУРК.О, біологічним факультетом Московського державного університету, Зоологічним інститутом РАН (м. Санкт-Петербург).
Базами практики студентів-біофізиків, фізіологів є ДонФТІ НАНУ, ІНФОУ НАНУ, НДI медико-екологічних проблем Донбасу, Український центр діагностики та реабілітації репродуктивної функції людини, Інститут невідкладної та відновлювальної хірургії АМНУ ім. М. К. Гусака; студентів-біологів — Донецький Ботанічний сад НАНУ, Донецький еколого-натуралістичний центр «Донбасекологія» тощо.