ДонНМУ им. М.Горького — один из лидеров реформирования высшего медицинского образования в Украине, разработчик системы непрерывного медицинского образования. Университет является инициатором и активным участником разработки Государственных стандартов высшего медицинского образования уровня «специалист». В заведении впервые создана оригинальная система программно-целевого управления качеством подготовки специалистов. Эта система сориентирована на усвоение профессиональных навыков, начиная с младших курсов и заканчивая выпускными. ДонНМУ первым среди медицинских вузов Украины начал внедрять современную систему стандартизированной оценки знаний студентов. Регулярный, повседневный контроль знаний осуществляется не путем выслушивания ответов на стандартный набор вопросов, а с помощью наборов тестовых заданий, ориентированных на проверку умения использовать знание.

Важным разделом учебно-методической работы университета в современных условиях является внедрение положений Болонской декларации — кредитно-модульной системы организации учебного процесса. Новые формы обучения требуют и современного методического обеспечения. Неопровержим авторитет преподавателей университета в создании учебной литературы нового управляющего типа, в широком использовании новых информационных технологий, которые позволяют разрабатывать электронные учебники и учебные пособия. Только за последние 5 лет издано 10 учебников и 112 учебных пособий с грифом МОЗ Украины. Свидетельством активного внедрения в учебный процесс педагогических инноваций и новых образовательных технологий, весомого вклада в развитие и модернизацию национальной системы образования являются награды и дипломы на государственных просветительских выставках, неоднократные победы в номинации «Лучшие учебники для высших учебных заведений».

На базе университета действуют 5 специализированных ученых советов с правом защиты кандидатских и докторских диссертаций за 12 медико-биологическими специальностями. Только за последние 5 лет учеными университета защищено 50 докторских и 260 кандидатских диссертаций, издано 280 монографий, 7700 статей в отечественных и зарубежных журналах, получены 280 патентов на изобретения. С целью совершенствования информационного обеспечения научно-исследовательской работы и популяризации научных достижений выдаются 14 периодических научно-практических журналов. Все они включены в Перечень профессиональных изданий ВАК Украины.

Широко осуществляется международное научное сотрудничество с медицинскими учреждениями более чем из 40 стран по таким актуальным вопросам, как изучение динамической межфазной тензиометрии и реометрии биологических жидкостей, нейрофизиологии коры головного мозга и подкорковых структур, телемедицине, онкологии, кардиологии, нефрологии, репродуктивному здоровью, гирудотерапии и тому подобное. За высокий уровень проведенных научных исследований университет получил грант Евросоюза. 22 сотрудника ДонНМУ им. М.Горького избрано членами различных зарубежных академий и редколлегий зарубежных журналов, 64 — членами 66 международных профессиональных объединений. Заключены двусторонние международные договора с медицинским факультетом Вильнюсского университета (Литва), а также клиникой CHARITE, Берлинским медицинским университетом совместно с университетом Freie, университетом Гумбольта (Берлин) относительно развития методов обучения и исследовательской деятельности.

Не менее важное место в деятельности сотрудников университета занимает лечебная работа. На базе клинических кафедр университета в течение 15 лет функционируют свыше 20 специализированных областных и городских Центров, в которых концентрируются больные с тяжелой патологией. В первую очередь, это Региональный противоопухолевый центр, областной сосудистый Центр, областной Центр по лечению столбняка, менингита и хронических гепатитов, городской Центр по лечению больных с желудочно-кишечными кровотечениями, городской Центр микрохирургии глаза и другие. Ежегодно сотрудники ДонНМУ им. М.Горького консультируют свыше 300 тысяч больных. Кроме этого, в условиях стационара на клинических базах университета лечится свыше 20 тысяч больных в год, из которых свыше 8 тысяч — оперативно.